Transporter Classification Database: Diferenzas entre as revisións

A '''Transporter Classification Database''' ou '''TCDB''' (Base de Datos de Clasificación de Transportadores) é un sistema de clasificación aprobado pola [[International Union of Biochemistry and Molecular Biology]] (IUBMB) para as [[proteína transportadora de membrana|proteínas transportadoras de membrana]] incluíndo os [[canal iónico|canais iónicos]].<ref name="pmid19022853">{{cite journal |author=Saier MH, Yen MR, Noto K, Tamang DG, Elkan C |title=The Transporter Classification Database: recent advances |journal=Nucleic Acids Res. |volume=37 |issue=Database issue |pages=D274–8 |date=January 2009 |pmid=19022853 |pmc=2686586 |doi=10.1093/nar/gkn862 |url=http://nar.oxfordjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=19022853}}</ref> Este sistema de clasificación foi deseñado para que fose análogo ao sistema do [[número EC]] para a clasificación de [[encima]]s, pero utiliza tamén información filoxenética.

=== 1. [[Canal iónicol|Canais]]/Poros ===

==== 1.A Canais de tipo α ====

* 1.A.1 Superfamilia dos [[Canais iónicos regulados por voltaxe]]

* 1.A.2 [[Canal de K+ rectificador entrante]] animal

* 1.A.3 [[Canal de Ca2+ receptor de Ryanodine-inositol-1,4,5-trisfosfato]]

* 1.A.4 [[Canal de Ca2+ de potencial receptor transitorio]]

* 1.A.5 [[Canal de catións de policistina]]

* 1.A.6 [[Canal de Na+ epitelial]]

* 1.A.7 [[Canal de catións regulado por ATP]]

* 1.A.8 [[Proteín a intrínseca maior]]

* 1.A.9 [[Canal iónico regulado por ligando]] de [[receptor de neurotransmisores|receptores de neurotransmisores]]

* 1.A.10 [[Canal iónico regulado por glutmato]] de receptores de neurotransmisores

* 1.A.11 [[Canal de cloruro]]

* 1.A.12 [[Canal de cloruro organular]]

* 1.A.13 [[Canal de cloruro epitelial]]

* 1.A.14 [[canal de catións non selectivo 1]]

* 1.A.15 [[Canal de catións non selectivo 2]]

* 1.A.16 [[Canal de Ca2+, selectivo de catións activado por estiramento de lévedos]]

* 1.A.17 [[Canal de solutos da membrana externa dos cloroplastos]]

* 1.A.18 [[Formador do canal de anións da membrana do cloroplasto]]

* 1.A.19 [[canal da matriz 2 do virus da influenza]]

* 1.A.20 [[canal de H+ do cyt b558 asociado á gp91phox fagocito NADPH-oxidase]]

* 1.A.22 [[Canal iónico mecanosensible de gran condutancia]]

* 1.A.23 [[Canal iónico mecanosensible de pequena condutancia]]

* 1.A.28 [[Transportador de urea]] (canal)

* 1.A.29 [[Canal de urea/amida]]

* 1.A.30 [[superfamilia do enerxizador do transporte MotAB motor flaxelar/ExbBD da membrana externa bacteriano translocador de H+- ou Na+]]

* 1.A.32 [[Canal NB do virus da influenza Tipo B]]

* 1.A.33 [[Proteína de shock térmico 70]] formadora de canais de catións

* 1.A.34 [[Canal E1 do virus Envelope]]

* 1.A.35 [[Transportador de ións metálicos]] (canal)

* 1.A.36 [[Canal de cloruro intracelular]]

==== 1.D canais sintetizados non ribosomalmente ====

==== 1.G Porosa de [[fusión viral]] ====

==== 1.H [[canal paracelular|Canais paracelulares]] ====

==== 1.I [[Canal unido a membrana|Canais unidos a membranas]] ====

* 1.I.1 Familia do [[complexo do poro nuclear]], incluíndo a [[carioferina]]s

*Similares a [[canal iónico regulado por voltaxe|canais iónicos regulados por voltaxe]], incluíndo [[canal de potasio|canais de potasio]] [[canal de potasio KcsA|KcsA]] e KvAP, e [[canal iónico de potasio rectificador entrante]] Kirbac<ref>http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=8</ref>

*[[Large-conductance mechanosensitive channel, MscL]]<ref>http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=12</ref>

*[[Canal iónico mecanosensible|Canal iónico mecanosensible de pequena condutancia (MscS)]]<ref>http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=11</ref>

*[[Transportsadores de magnesio|Transportadores de ións metálicos CorA]]<ref>http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=72</ref>

*[[Canal iónico regulado por ligando]] dos receptores de neurotransmisores ([[receptor de acetilcolina]])<ref>http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=14</ref>

*[[Aquaporina]]s<ref>http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=7</ref>

*[[Canal de cloruro|Canais de cloruros]]<ref>http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=10</ref>

*Proteína auxiliar da membrana externa (transportador de [[polisacárido]]s)<ref>http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=188</ref>

*[[Porina]]s a algunhas outras proteínas de [[barril beta]] das [[membrana bacteriana externa|membranas externas]]

*[[proteína transportadora]] [[mitocondrial]]<ref>http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=21</ref>

*Superfsamilia do Facilitador Maior (transportador de glicerol 3-fosfato, Lactosa [[permease]], e Transportador multidrogas EmrD)<ref>http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=15</ref>

*Transportador AcrB Resistencia-nodulación-división celular (efluxo multidrogas, ver [[resistencia a multidrogas]])<ref>http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=16</ref>

*Simportador de dicarboxilato/aminoácido:catión (simportador de glutamato protón)<ref>http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=20</ref>

*Antiportador catión monovalente/protón (antiportador sodio/protón 1 NhaA)<ref>http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=66</ref>

*Simportador de sodio de [[neurotransmisor]]<ref>http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=67</ref>

*Transportsadores de amonio<ref>http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=13</ref>

*Transportador de droga/metabolito (transportador de resistencia a multidrogas pequenas EmrE - as súas estructruras foron retractadas por ser erróneas)<ref>http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=77</ref>

=== 3. [[Transporte activo primario|Transportsadores activos primarios]] ===

*[[ATPase de calcio]] de tipo P (cinco conformacións diferentes)<ref>http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=22</ref>

*Reguladores da ATPase de calcio [[fosfolamban]] e sarcolipina<ref>http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=70</ref>

*[[Transportador ABC|Transportadores ABC]]: BtuCD,<ref>http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=17</ref> transportador multidrogas,<ref>http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=18</ref> e trnasportador de captación do molibdato<ref>http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=198</ref>

*[[Translocón]] da [[vía secretora]] (Sec) xeral (preproteína translocase SecY)<ref>http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=19</ref>

==== 3.B Transportadores implsados por descarboxilación ====

==== 3.C Transportadores impulsados por metiltransfer ====

*Proteínas similares ao citocromo b transmembrana:<ref>http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=3</ref> [[coencima Q - citocromo c redutase]] (citocromo bc1); [[complexo do citocromo b6f]]; formato dedhidrocxenase, [[nitrato redutase]] respiratoria; [[succinato-coencima Q redutase]] (fumarato redutase); e [[succinato deshidroxenase]]. Ver [[cadea de transporte de electróns]].

*[[Citocromo c oxidase]]s<ref>http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=4</ref> de [[bacteria]]s e [[mitocondria]]s

*Proteínas similares á [[bacteriorrodopsina]] incluíndo a [[rodopsina]] (ver tamén [[opsina]])<ref>http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=6</ref>

*[[Centro de reacción fotosintético|Centros de reacción fotosintéticos]] bacterianos e [[fotosistema]]s I e II<ref>http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=2</ref>

*[[Complexo colleitador de luz|Complexos colleitadores de luz]] de [[bacteria]]s e [[cloroplasto]]s<ref>http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=1</ref>

*[[ATPase]]s de tipos V e F que translocan sodio ou protóns<ref>http://opm.phar.umich.edu/families.php?superfamily=5</ref>

==== 4.A Translocadores de grupo impulsados por fosfotransfer ====

==== 5.B Transportadores de transferencia de 1 electrónb transmembrana ====

*Proteína B de formación de [[enlace disulfuro]] (DsbB)<ref>http://opm.phar.umich.edu/protein.php?search=2hi7</ref>

Reservados para unha futura ampliación.

==== 8.B Proteína sintetizada ribosomalmente/toxinas peptídicas que teñen como diana canais e transportadores (''carriers'') ====

==== 8.C Toxinas non sintetizadas ribosomalmente que teñen como diana canais e transportadores (''carriers'') ====

==== 9.A Transportadores recoñecidos de mecanismo bioquñímico descoñecido ====

* [http://www.tcdb.org/ Transporter Classification Database]

* [http://www.chem.qmul.ac.uk/iubmb/mtp/ List] en qmul.ac.uk

* {{cite journal |author=Saier MH, Tran CV, Barabote RD |title=TCDB: the Transporter Classification Database for membrane transport protein analyses and information |journal=Nucleic Acids Res. |volume=34 |issue=Database issue |pages=D181–6 |date=January 2006 |pmid=16381841 |pmc=1334385 |doi=10.1093/nar/gkj001 |url=http://nar.oxfordjournals.org/cgi/pmidlookup?view=long&pmid=16381841}}

* {{cite journal |author=Busch W, Saier MH |title=The transporter classification (TC) system, 2002 |journal=Crit. Rev. Biochem. Mol. Biol. |volume=37 |issue=5 |pages=287–337 |year=2002 |pmid=12449427 |doi= 10.1080/10409230290771528|url=}}