TDP1

TDP1
Наявні структури
PDB	Пошук ортологів: PDBe RCSB
Список кодів PDB
	1JY1, 1MU7, 1MU9, 1NOP, 1QZQ, 1RFF, 1RFI, 1RG1, 1RG2, 1RGT, 1RGU, 1RH0
Ідентифікатори
Символи	TDP1, tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1
Зовнішні ІД	OMIM: 607198 MGI: 1920036 HomoloGene: 5424 GeneCards: TDP1
Пов'язані генетичні захворювання
	spinocerebellar ataxia type 1 with axonal neuropathy
Онтологія гена
Молекулярна функція	• phosphoric diester hydrolase activity; • single-stranded DNA binding; • nuclease activity; • зв’язування дволанцюгових ДНК; • 3'-tyrosyl-DNA phosphodiesterase activity; • exonuclease activity; • GO:0001948, GO:0016582 зв’язування з білками плазми; • гідролазна активність;
Клітинна компонента	• цитоплазма; • клітинна мембрана; • внутрішньоклітинна мембранна органела; • клітинне ядро;
Біологічний процес	• single strand break repair; • double-strand break repair; • GO:0100026 Репарація ДНК; • nucleic acid phosphodiester bond hydrolysis; • cellular response to DNA damage stimulus;
	Джерела:Amigo / QuickGO
Шаблон експресії
	Більше даних
Ортологи
	55775
	104884
	ENSG00000042088
	ENSMUSG00000021177
	Q9NUW8
	Q8BJ37
	NM_001008744; NM_018319; NM_001330205
	NM_028354
	NP_001008744; NP_001317134; NP_060789
	н/д
	Вікідані
Див./Ред. для людей	Див./Ред. для мишей

TDP1 (англ. Tyrosyl-DNA phosphodiesterase 1) – білок, який кодується однойменним геном, розташованим у людей на короткому плечі 14-ї хромосоми.^[4] Довжина поліпептидного ланцюга білка становить 608 амінокислот, а молекулярна маса — 68 420^[5].

Послідовність амінокислот

10	20	30	40	50
MSQEGDYGRW	TISSSDESEE	EKPKPDKPST	SSLLCARQGA	ANEPRYTCSE
AQKAAHKRKI	SPVKFSNTDS	VLPPKRQKSG	SQEDLGWCLS	SSDDELQPEM
PQKQAEKVVI	KKEKDISAPN	DGTAQRTENH	GAPACHRLKE	EEDEYETSGE
GQDIWDMLDK	GNPFQFYLTR	VSGVKPKYNS	GALHIKDILS	PLFGTLVSSA
QFNYCFDVDW	LVKQYPPEFR	KKPILLVHGD	KREAKAHLHA	QAKPYENISL
CQAKLDIAFG	THHTKMMLLL	YEEGLRVVIH	TSNLIHADWH	QKTQGIWLSP
LYPRIADGTH	KSGESPTHFK	ADLISYLMAY	NAPSLKEWID	VIHKHDLSET
NVYLIGSTPG	RFQGSQKDNW	GHFRLKKLLK	DHASSMPNAE	SWPVVGQFSS
VGSLGADESK	WLCSEFKESM	LTLGKESKTP	GKSSVPLYLI	YPSVENVRTS
LEGYPAGGSL	PYSIQTAEKQ	NWLHSYFHKW	SAETSGRSNA	MPHIKTYMRP
SPDFSKIAWF	LVTSANLSKA	AWGALEKNGT	QLMIRSYELG	VLFLPSAFGL
DSFKVKQKFF	AGSQEPMATF	PVPYDLPPEL	YGSKDRPWIW	NIPYVKAPDT
HGNMWVPS

A: Аланін

C: Цистеїн

D: Аспарагінова кислота

E: Глутамінова кислота

F: Фенілаланін

G: Гліцин

H: Гістидин

I: Ізолейцин

K: Лізин

L: Лейцин

M: Метіонін

N: Аспарагін

P: Пролін

Q: Глутамін

R: Аргінін

S: Серин

T: Треонін

V: Валін

W: Триптофан

Y: Тирозин

Кодований геном білок за функціями належить до гідролаз, екзонуклеаз, нуклеаз, фосфопротеїнів. Задіяний у таких біологічних процесах, як пошкодження ДНК, репарація ДНК, альтернативний сплайсинг. Локалізований у цитоплазмі, ядрі.

Література

The status, quality, and expansion of the NIH full-length cDNA project: the Mammalian Gene Collection (MGC). Genome Res. 14: 2121—2127. 2004. PMID 15489334 doi:10.1101/gr.2596504
Pouliot J.J., Yao K.C., Robertson C.A., Nash H.A. (1999). Yeast gene for a Tyr-DNA phosphodiesterase that repairs topoisomerase I complexes. Science. 286: 552—555. PMID 10521354 doi:10.1126/science.286.5439.552
Interthal H., Pouliot J.J., Champoux J.J. (2001). The tyrosyl-DNA phosphodiesterase Tdp1 is a member of the phospholipase D superfamily. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 98: 12009—12014. PMID 11572945 doi:10.1073/pnas.211429198
Raymond A.C., Rideout M.C., Staker B., Hjerrild K., Burgin A.B. Jr. (2004). Analysis of human tyrosyl-DNA phosphodiesterase I catalytic residues. J. Mol. Biol. 338: 895—906. PMID 15111055 doi:10.1016/j.jmb.2004.03.013
Raymond A.C., Staker B.L., Burgin A.B. Jr. (2005). Substrate specificity of tyrosyl-DNA phosphodiesterase I (Tdp1). J. Biol. Chem. 280: 22029—22035. PMID 15811850 doi:10.1074/jbc.M502148200
Interthal H., Chen H.J., Champoux J.J. (2005). Human Tdp1 cleaves a broad spectrum of substrates, including phosphoamide linkages. J. Biol. Chem. 280: 36518—36528. PMID 16141202 doi:10.1074/jbc.M508898200

Примітки

↑ Захворювання, генетично пов'язані з TDP1 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.
↑ Human PubMed Reference:.
↑ Mouse PubMed Reference:.
↑ HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:18884 (англ.) . Процитовано 11 вересня 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)
↑ UniProt, Q9NUW8 (англ.) . Архів оригіналу за 24 вересня 2017. Процитовано 11 вересня 2017.

Див. також

Хромосома 14

Це незавершена стаття про білки.
Ви можете допомогти проєкту, виправивши або дописавши її.

[1] Захворювання, генетично пов'язані з TDP1 переглянути/редагувати посилання на ВікіДаних.

[2] Human PubMed Reference:.

[3] Mouse PubMed Reference:.

[HGNC-4] HUGO Gene Nomenclature Commitee, HGNC:18884 (англ.) . Процитовано 11 вересня 2017.{{cite web}}: Обслуговування CS1: Сторінки з параметром url-status, але без параметра archive-url (посилання)

[UniProt-5] UniProt, Q9NUW8 (англ.) . Архів оригіналу за 24 вересня 2017. Процитовано 11 вересня 2017.

[1]

[2]

[3]

[4]

[5]